Данная негосударственная некоммерческая организация была образована согласно постановлению Кабинета Министров от 16 января 2001 года для развития экономического сотрудничества между Узбекистаном и Японией, подготовки квалифицированных кадров и укрепления культурных связей между народами двух стран.

Проект осуществляется совместно Министерством внешних экономических связей, инвестиций и торговли Узбекистана и Японским агентством международного сотрудничества (JICA). 28 марта 2007 года центр открыл в Бухаре первый региональный филиал.

Основные направления деятельности центра – организация бизнес-курсов, обучение японскому языку, обучение глухих и слабослышащих лиц компьютерной грамотности, а также содействие информационному и культурному обмену между двумя странами.

По данным на март 2008 года, Узбекско-Японский Центр, включая филиал в Бухаре, был крупнейшим учебным центром по количеству изучающих японский язык – 360 человек. Компьютерные курсы для глухих и слабослышащих являются уникальными в Узбекистане и пользуются большим спросом.

Организацией периодически проводятся культурные мероприятия, включая книжный базар, уроки каллиграфии, открытые лекции, показы кинофильмов, занятия по икебане, оригами, караоке, чайные церемонии, приготовление японских блюд и т. д.

Как сообщили Газете.уз в центре, с момента открытия количество его посетителей превысило 300 тысяч человек. В день центр посещает более 300 человек, и его ресурсами пользуются как дети, так и взрослые.